Kebersihan lingkungan sekolah merupakan faktor pendukung yang sangat vital dalam menunjang proses Kegiatan Belajar Mengajar. Terciptanya suasana nyaman, bersih asri akan memberi dampak yang positif bagi warga sekolah. Program Jumat Bersih MTsN 9 Madiun ini dilaksanakan setiap jumat minggu ketiga. Jum’at Bersih yang merupakan program kerja rutin dilaksanakan. Pada setap Jumat pagi minggu ketiga seluruh warga sekolah berkumpul di halaman sekolah untuk kerja bakti. Biasanya, kerja bhakti membersihkan halaman sekolah, perpustakaan, kantin, ruang kelas, taman, ruang guru, ruang praktik, dan sekitar sekolah.
Budaya Jumat Bersih dapat menjadi kebiasaan yang baik dan menyehatkan dengan berbagai manfaat diantaranya menumbuhkan cinta dan peduli terhadap lingkungan sekolah. Tujuan utama dari kegiatan Jumat bersih adalah menumbuhkan rasa memiliki di kalangan siswa akan pentingnya kebersihan lingkungan demi kesehatan, sehingga suasana belajar akan terasa nyaman, sekolah pun juga dapat terpelihara dengan baik. Perilaku hidup bersih sangat menentukan pola hidup sehat di lingkungan tempat belajar khususnya, karena lingkungan yang sehat dapat meningkatkan konsentrasi belajar yang lebih tinggi dan mendukung sikap belajar yang antusias, sehingga mempengaruhi produktifitas siswa dan guru dalam kegiatan belajar mengajar. Kegiatan Jum’at bersih dilaksanakan oleh seluruh warga sekolah mulai dari karyawan, siswa, guru, dan Kepala Sekolah.